El Plan de Estudios se elaboró a partir de la metodología de competencias profesionales integrales, la cual desde una perspectiva pedagógica permitirá poner en juego estrategias didácticas para que el maestro o maestra en formación sea un agente activo durante su proceso de aprendizaje.

Está diseñado con un enfoque modular, donde las unidades de competencia se articulan para generar el proyecto integrador en cada módulo, cada uno de los proyectos integradores dará como resultado el proyecto terminal para obtener el grado de maestro o maestra en Defensa de los Derechos Humanos.

Ha sido instrumentado con los criterios establecidos por el Programa Nacional de Posgrados de Calidad (PNPC), para responder a las necesidades de los sectores de la  sociedad, además se asignaron los pesos curriculares de las unidades de competencia y se consideraron los criterios establecidos por el Sistema de Asignación y Transferencias de Créditos Académicos (SATCA). También es profesionalizante y se centra fundamentalmente en la práctica de estudios de casos reales y simulaciones. Cuenta con 3 seminarios, 3 coloquios y una estancia, orientados para la formación profesional de los futuros defensores en Derechos Humanos.