El Plan de Estudios, se integra por 4 módulos, en los que se desarrollan 9 unidades de competencia, 3 seminarios prácticos, 3 coloquios, 1 estancia profesional y la presentación de un proyecto terminal que sirve para obtener el grado de maestro o maestra en Defensa de los Derechos Humanos, en el entendido que los cursos se enfocan a la práctica profesional, con la cual adquieren competencias integrales, para desarrollarse en la asesoría, defensa y litigio en esta materia.

Lo anterior, hace un total de 118 créditos, que corresponden a la sumatoria de todos los módulos del Plan de Estudios.

Asimismo, cuenta con 3 ejes de formación:

1. Análisis, tiene como finalidad que el maestro o maestra en formación obtenga una comprensión analítica y contextual de los Derechos Humanos.
2. Estrategia de Defensa, la finalidad es analizar casos reales y desarrollar mecanismos y estrategias de defensa de los Derechos Humanos ante organismos locales, nacionales e internacionales, jurisdiccionales y no jurisdiccionales. Esta constituye la  fase medular de la maestría y tiene como propósito que el maestro o maestra, cuente con conocimientos habilidades, actitudes y valores para la defensa y la actividad litigiosa.
3. Intervención, el objetivo es formar maestros y maestras que participen de manera dinámica en la asesoría y defensa, conozca y sea capaz de generar un cambio en la visión de los gobiernos democráticos para hacer más efectivos los mecanismos de protección.